Su construcción se inició en noviembre de 1883, un año luego de que el Observatorio Astronómico de París enviara instrumentos astronómicos a la ciudad de Bragado, Buenos Aires, para observar el tránsito de Venus por delante del Sol. Estos instrumentos fueron comprados por la Provincia de Bs. As. para observar el evento.
El primer director fue Francisco Beuf (teniente de la Armada de Francia y director del Observatorio Naval de Tolón).
Algunos de los logros obtenidos por este observatorio fueron el descubrimiento del cometa C/1913 Y1 (Delavan) y de la estrella Nova Puppis. Además realiza una gran labor astrométrica y registra datos meteorológicos y de variación de latitudes a lo largo de los años.